В статье рассматриваются проблемы построения и использования региональных таблиц «затраты-выпуск», дается описание особенностей дезагрегирования видов экономической деятельности, показаны наиболее сложные, отсутствующие в статистике, информационные массивы, необходимые для построения региональных таблиц «затраты-выпуск». Сделан краткий обзор основных методов регионализации межотраслевых моделей, используемых в отечественной и зарубежной практике. Отмечена необходимость сочетания прямых методов оценки необходимых для построения таблиц и моделей показателей и методов, основанных на использовании косвенных данных. Показана необходимость использования балансов производства и распределения продукции в натуральных показателях как важнейшего направления совершенствования народнохозяйственных и региональных таблиц «затраты-выпуск», поскольку наличные натуральные показатели, как правило, отражают объемы производства и потребления продукции в полном объеме, а не только той ее части, которая является товарной. Подчеркнута особая важность повышенных требований к информации, отражающей современное состояние экономики страны и регионов. Представлены основные прикладные результаты, полученные с помощью межотраслевых моделей как инструмента долгосрочного прогнозирования национальной экономики. Рассмотрены особенности моделирования межотраслевых связей малых региональных экономик и ограничения использования региональных таблиц «затраты-выпуск» для оценки мультипликативных эффектов, возникающих в экономиках подобного типа (на примере Республики Тыва).